A McNeil-szigeti Szövetségi börtönben kezdte meg 12 éves börtönbüntetésének letöltését, amit azért róttak rá, mert részegen halálra vert egy csapost.

Az indulatos, könnyen bepörgő fickó többször rátámadt az őrökre és az orvosokra is, majd akkor kezdtek rájönni arra, hogy nem bírnak vele, mikor egy szóváltás végén leszúrta az egyik rabtársát. Pár héttel később azonban újra gyilkolt. Egy őr közölte vele a rossz hírt, hogy a gyilkosság miatt nem fogadhat látogatót és nem engedik be hozzá a testvérét. Stroud ezen annyira felhúzta magát, hogy fültől fülig elmetszette a fegyőr torkát, s nyugodtan nézte ahogy elvérzik. Miután mindenki rettegett tőle a börtönben, és jó esély volt rá, hogy a mogorva fickó megint megöl valakit, ha nem tetszik neki valami apróság, 1942-ben átszállították az Alcatrazba. A következő 17 évét teljes magányban töltötte, nem mertek senkit berakni a cellájába és az őrök is rettegtek, amikor valamiért be kellett menniük hozzá. Miután a "Sziklára" került már nem tarthatott madarakat. Az előző börtönben amúgy azért engedélyezték számára a madarak tartását, mert javulást reméltek tőle a súlyosan antiszociális állapotában. Ő kihasználva a helyzetet, sokszor rejtett el nem engedélyezett tárgyakat a madarai ketrecében. A tudományos kísérleteihez igényelt anyagokból pedig házi főzésű szeszeket állított elő. A "Sziklán" töltött évei alatt két könyvet is írt kedvenc madarairól saját illusztrációkkal, amit ma is szívesen forgatnak az ornitológusok. "Stroud imádja a madarakat és utálja az embereket" – mondta róla az egyik őr, aki elmondta, hogy a hideg kirázta bármikor találkozott a fickóval. 73 éves korában halt meg...